由于胃溃疡和十二指肠溃疡的病因与发病机制不完全一致，在治疗上如果不加以区别，就会造成事倍功半的后果。
　　过去认为“无酸不成溃疡”，所以主要治疗措施就是抑制胃酸分泌，治疗似乎变为不管哪一种胃疾都用杀菌药物，也不管该药对胃黏膜是否有刺激。
　　

        1抑酸和保护黏膜要细分
　　胃溃疡患者的胃酸分泌可以正常或低下，主要发病机制是防御、修复功能减弱，此时的抑酸治疗并不是最主要的措施，尤其是对胃酸分泌低下者反而有害。此时应以保护胃黏膜为主要措施，如服用硫糖铝、枸橼酸铋钾、米索前列醇等。配合适当的饮食治疗，戒烟戒酒、少食辛辣。
　　大多数十二指肠溃疡患者的胃酸分泌是增多的，该病的主要发病机制是侵袭因素增强，因此抑酸药物不可或缺；但以保护胃黏膜为主要作用的药物对此疗效则大打折扣，如服用硫糖铝对十二指肠溃疡的治疗几乎无任何作用。
　　

        2用好动力药和解痉药
　　胃溃疡患者的迷走神经功能正常或低下，造成胃蠕动减慢，蠕动力减弱，此时应用多潘力酮、甲氧氯普胺增加胃动力，将食物、胃酸和各种消化酶从胃内及时送出，以尽量减少对胃黏膜的侵蚀。
　　十二指肠溃疡患者的迷走神经功能呈亢奋状态，胃酸分泌增加，此时应用促胃肠动力药，不仅于病无益，反而使大量食物快速进入十二指肠，刺激十二指肠大量分泌胃泌素，造成胃酸大量增加，使原本单纯的十二指肠溃疡又并发胃溃疡，成了复合性溃疡，更增加了治疗难度。
　　

         3中医对症治疗